青贮饲料二次发酵是指青贮饲料在开窖饲喂后，由于窖内温度升高而使通气部分青贮饲料产生的发霉现象。发生青贮饲料二次发酵的原因是无氧状态下的青贮饲料接触空气后，好氧性细菌活动繁殖造成的，特别是气温较高时，品质较好的青贮饲料易发生二次发酵。出现二次发酵后，青贮饲料的糖分可损失10-24%。若有大量的霉菌活动而发生霉变或产生亚硝酸盐，喂牛羊后，会造成一定程度的危害。
防止青贮饲料二次发酵的方法主要有：玉米秸不可切得太长，以1-2厘米为宜；所含水分应在65-70%，密度要高，每立方米的重量不可少于700公斤；原料预干不可过度，适时收割，防止玉米秸受霜害。
二次发酵是在开封后青贮料与空气接触后开始的，所以要根据所养牛羊的数量和采食量决定开口大小，开口要尽量小。每次取出青贮饲料后，用塑料薄膜将表面盖好，使之不通气。
已经发生二次发酵的青贮饲料，又一时吃不完的，应把上层已发热的饲料装到密封的塑料袋中，尽快饲喂。对下层的青贮饲料用丙酸按每平方米0.5-1升的剂量喷洒表面，上面覆盖塑料薄膜，这样可有效制止青贮饲料的二次发酵。