鼠害对草原的危害是十分严重的。它们的采食与挖掘活动破坏了草原生态环境，导致草原原有植物群落的种类和数量发生变化，甚至失去互相依赖和制约的关系，处于不稳定的状态，并向新的稳定方向发展，从而引起植物群落的演替。
一、鼠类的挖掘和盗洞活动，降低草原生产力
鼠类盗洞活动减少牧草生长覆盖面积。鼠类的挖掘活动将大量的下层土壤推到地面形成土丘覆盖草场，土丘上只生长一些牲畜不大喜食的一年生的杂类草。当土丘数量多时，土丘连片，寸草不生，牧草绝收。鼠类在草原上频繁活动，使草原裸露面积增大，加速了土壤水分的蒸发，降低土壤含水量。而且将有机物质翻出，降低了土壤肥力，草原的可持续生产力又受到了严重影响。
二、采食牧草，与畜争食，降低草原载畜能力
害鼠取食牧草和牧草种子，有的鼠种在秋季大量储存牧草，也使草原的载畜量减少，生产力降低。而且对近年来实施的牧草种子基地建设、风沙源治理和退牧还草等草原建设项目构成了危害。
三、鼠类的啃食活动，破坏草原植被，导致草原进一步退化。
害鼠啃食并切断植物根系，使大量地上植物死亡，许多优良牧草减少，植物群落发生退化性演替，使草原进一步退化，甚至引起草原沙漠化。