紫花苜蓿病害有侵染性病害和非侵染性病害两类。侵染性病害扩展蔓延速度快，对苜蓿危害性大，防治难度大。常发病害有以下几种：
1、苜蓿霜霉病
由苜蓿霜霉病菌引起，在多雨年份发生较重，小叶染病后出现形状不规则、边缘不清楚的浅黄色、淡绿色病斑，病斑占据了小叶的大部分面积，病叶多向下方卷曲，严重时病叶坏死腐烂。苜蓿霜霉病通常在春夏之交和初秋流行，夏季高温条件下发病减轻。
使用及选育抗病品种，是大面积防治苜蓿霜霉病的有效途径。发病后可以施用波尔多液、65％代森锰锌400～600倍液、65％福美铁300～500倍液、50％灭菌丹500～600倍液等，必要时每7～10天施药1次。
2、褐斑病
是由苜蓿假盘菌感染引起的。苜蓿得了褐斑病后，小叶上出现小而圆的褐色病斑，直径0．5～3毫米，边缘呈齿状，病斑不再扩大而融合。后期病斑中央有浅褐色小盘状物隆起。
主要防治方法是选用抗病品种。若田间本病流行快时，应尽早刈割，以减少菌源，也可用25％百菌清500～600倍液、70％甲基托布津1000倍液、70％代森锰锌600倍液等药物防治。
3、苜蓿锈病
是条纹单胞锈菌侵染引起。症状为叶下面先出现小褪绿斑，隆起呈疱疹状，灰绿色，后表皮破裂露出棕色粉末状孢子堆。
防治方法：应用抗病品种；合理施肥，增施磷、钙肥，少施氮肥；防止因苜蓿萎蔫而减产。化学药剂防治可采用三唑酮(粉锈宁)、代森锰锌、波尔多液等。
4、苜蓿白粉病
是由蓼白粉菌与鞑靼内丝白粉菌等引起的。在多雨温暖的气候条件下发病较重。苜蓿感染白粉病后常导致生长不良，种子产量与品质下降。病株具有毒性，影响家畜采食、消化吸收，进而危及家畜的健康。
防治方法：应用抗病品种，发现病害后提前刈割等；合理施肥，增施磷、钾肥，减少氮肥用量；在冬季可采用焚茬、耙地等措施；化学药剂防治可选用三唑酮(粉锈宁)、灭霉定、甲基托布津、灭菌丹等。